SoftMedica Medycyna Pracy w wersji Enterprise jest rozwiązaniem dedykowanym dla największych jednostek. Licencja Enterprise nie posiada ograniczeń co do liczby stanowisk. Ta wersja systemu daje klientowi specjalne uprawnienia co do modyfikacji i ulepszeń programu. Wdrożenie programu obejmuje cykl szkoleń każdej z grup użytkowników, np:

Część niemedyczna:

1. Dział umów
2. Administracja, nadzór
   
3. Statystyka
4. Księgowość
   

Część medyczna:

1. Rejestracja
2. Gabinet pielęgniarski medycyny pracy
3.  Gabinety lekarzy specjalistów
4. Lekarz profilaktyk
5. Laboratorium

Wdrożenie wersji Enterprise wymaga przeprowadzenia audytu przedwdrożeniowego i stworzenia na jego podstawie analizy potrzeb i oczekiwań klienta. Użytkownikami wersji Enterprise są jednostki o poniższym profilu:

1. Wojewódzkie Ośrodki Medycyny Pracy
2. Duże wieloodziałowe przychodnie zakładowe
3. Jednostki wykonujące powyżej 10.000 badań rocznie
4. Sieci medyczne